1870 – 1872
Die 1870 verstorbene Frau Elisabeth FISCHER, Besitzerin des Hauses Nr. 23 in Margarethen, vermachte in ihrem Testament ein Legat von tausend Gulden zur Errichtung der „Margarethenschule“. Mit Hilfe der Gemeinde Linz sollte schließlich der Bau der Schule durchgeführt werden.
1872 – 1882
Am 20. November 1872 beschloss der Gemeinderat die Errichtung einer zweiklassigen Volksschule in Margarethen. Erst sieben Jahre später gab der Landesschulrat seine Zustimmung zur Errichtung einer einklassigen Volksschule mit ungeteiltem ganztägigem Unterricht.
1882 – 1906
Nachdem das nötige Grundstück zum Bau der Schule und zur Anlage eines Schulgartens des Grundbesitzern Matthias und Anna ACHBERGER abgekauft und der Bauplan genehmigt war, wurde der Bau im Jahre 1882 ausgeführt und am 15. August 1883 kollaudiert.
Zur feierlichen Eröffnung am 25. September 1883 erschienen Landesschulinspektor SCHWAMMEL, Bezirksschulinspektor Dr. RUPP und viele Vertreter öffentlicher Einrichtungen. Am 26. September 1883 begann der regelmäßige Unterricht. 1883 besuchten 59 Schüler (1.-8. Schulstufe) den Unterricht.
1906 – 1927
Von 1906-1919 hieß der Schulleiter Ludwig COMMENDA, eine in Linz sehr bekannte Persönlichkeit. In dieser Zeit stieg die Schülerzahl auf 116. Nachdem der Schulleiter Commenda 1919 die Schule auf dem Römerberg übernahm, war kein Ersatz zu finden und die Schülerzahl erreichte 1927 einen Tiefpunkt von 30 Schülern.
1933 – 1946
Die durch den Übertritt in den Ruhestand des Schulleiters RUTTNER freigewordene Stelle wurde 1933/34 nicht mehr zur Bewerbung ausgeschrieben und die Auflassung der Schule stand vor der Tür.
In der ersten Schulwoche wurde dann vom Stadtschulrat entschieden:
der Aushilfslehrer behält die 1. Klasse in Margarethen, die aber der Römerbergschule als Expositur unterstellt wird. Dieser Zustand der Einklassigkeit dauerte aber nur ein Jahr. Dann kam die Schulbehörde zur Überzeugung, den Margarethnern die zweite Schulklasse wieder zurückzugeben. Das Schuljahr 1934/35 wurde vom neuen Oberlehrer Hubert BRENNER mit 49 Schülern eröffnet.
1946 – 1955
In den Sommerferien 1946 kam es zu einer gründlichen Renovierung der durch den Krieg arg in Mitleidenschaft gezogenen Volksschule. Die Lage am Donauufer brachte für unsere Schule auch die Hochwassergefahr. Am Sonntag, 1. juli 1954 erreichte die Donau einen Pegelstand von 962 cm. In Margarethen standen die Häuser 1, 2, 3, 5, 10, 17 und der Anschlussturm unter Wasser. Der Aufgang zur Schule war mit Wassermassen bedeckt, die Wellen umspülten den Vorgarten.
1955 – 1976
Im Jahr 1955 wurde beim Schulhaus eine Autobusumkehrschleife errichtet. 1965 gab es eine Generalsanierung mit Einbau einer Zentralheizung, der Errichtung einer Garderobe und der Sanierung der WC-Anlagen.
1976 – 1987
Mit 1. Jänner 1976 verlor die VS St. Margarethen neuerlich ihre Selbstständigkeit. Sie wurde als Expositur der VS 6 (Römerbergschule) mit 2 Klassen geführt. Und wieder schwebte die Auflassung über der Schule. Aber dank eines starken Elternvereins wurde im Jahre 1977/78 Frau VOL Elisabeth HUBER provisorisch mit der Schulleitung betraut und im Schuljahr 1982/83 mit Herrn VD Wolfgang MAYER definitiv besetzt. In seine Zeit fiel auch die Hundertjahrfeier der Schule und ein Neuanstrich der Fassade im Jahre 1986. Ebenso begann auch ein Schulversuch: 2 Klassen mit 3 Lehrkräften, dadurch konnten manche Gegenstände schulstufenweise unterrichtet werden.
1987 – 1993
Direktor Mayer verließ im August 1987 die Volksschule Margarethen und mit 1. September 1987 wurde die Stelle provisorisch mit VL Johannes Ployer besetzt. Am 1. Februar 1989 erhielt VD PLOYER definitiv die Leitung der Margarethenschule. Die Schule profitiert von zahlreichen Projekten, die Schülerzahlen nehmen zu und ab 1993/94 konnte dreiklassig unterrichtet werden.
1993 – 1999
Im Juli 1993 wurden die Vorbereitungen für einen Anbau am Schulgebäude getroffen und ab Herbst ein Gymnastiksaal, eine neue Garderobe und 2 Klassenräume errichtet. Bürgermeister Dr. Franz DOBUSCH und sein Leondinger Amtskollege KR Leopold KRONSTEINER eröffneten am 27. Mai 1994 offiziell den Zubau und versprachen dabei der Schule einen Bestand für viele weiter Jahre.
Seit dem Schuljahr 1997/98 ist Margarethen eine vierklassige Volksschule mit mehr als 60 Kindern. Obwohl viele Kinder aus anderen Sprengeln kommen, blieb Margarethen „eine kleine, familiäre Dorfschule“, die sich mit viel Eifer und Elan den Herausforderungen der heutigen Zeit stellt.
1999 – 2012
Am 1. September 2012, nach 25 Dienstjahren, verabschiedete sich Herr Direktor PLOYER Johannes in den wohlverdienten Ruhestand. Als seine Nachfolgerin wurde im Schuljahr 2012/13 Bettina KARLHUBER mit der Margarethenschule betraut, die die Leitung im Schuljahr 2013/14 definitiv erhielt und seit dieser Zeit die vierklassige Schule mit großem Engagement leitet.
2012 – 2019
Am 4. Juni 2013 wurde die Schule, genau wie im Juli 1954, erneut durch ein Jahrhunderthochwasser über 2 Meter geflutet. Der Pegelstand der Donau erreichte den Höchststand von 930 cm. Trotz aller von Lehrerinnen und Eltern getroffener Vorkehrungsmaßnahmen, bahnten sich die Wassermassen den Weg in die Schule und richteten sehr großen Sachschaden an.
Durch das große Engagement und die gute Zusammenarbeit des gesamten Teams der Schule konnten alle 4 Klassen während der Aufräumarbeiten in Exposituren unterrichtet werden, bis die Schule nach einer Woche wieder für den normalen Unterrichtsbetrieb freigegeben wurde. Die Renovierungsarbeiten des Turnsaals und Kellers der Schule dauerten ein Jahr lang.